Quản Trị Mạng - Phiên bản mới nhất 3.3 của chương trình Foxit Reader đã được tích hợp thêm 1 tính năng bảo mật gọi là Trust Manager, cho phép người sử dụng thiết lập và tùy chỉnh các thuộc tính của chương trình, và vì vậy có thể tránh khỏi việc vô tình thực thi, kích hoạt các đoạn mã hoặc chương trình độc hại được nhúng sẵn trong file PDF. Và chức năng tương tự như vậy cũng đã được cải tiến trong ứng dụng Adobe Reader của Adobe.
Bằng việc tích hợp chức năng bảo mật này, các nhà phát triển ứng dụng Foxit đã có những động thái tích cực trong việc khắc phục vấn đề an ninh bảo mật với chức năng tự động kích hoạt - launch của file PDF. Chức năng Launch Actions/Launch File cho phép những đoạn mã, file thực thi dạng *.exe nhúng sẵn trong file PDF được kích hoạt và lây nhiễm vào hệ thống. Mặc dù, từ phiên bản 3.2.1.0401, Foxit đã hiển thị bảng thông báo hỏi người dùng có tiếp tục thực thi file *.exe hoặc đoạn mã đó hay không. Tuy nhiên, những bảng thông báo như vậy sẽ khiến cho người dùng không hề nghi ngờ gì về sự an toàn mà họ đang làm.
Khi kích hoạt chức năng Enable Safe Reading Mode, Foxit Reader sẽ không bao giờ thực thi bất cứ file hoặc đoạn mã nào đính kèm ngay cả khi người sử dụng đồng ý kích hoạt, sự lựa chọn này là mặc định khi cài đặt Foxit. Trong khi đó, Adobe Reader lại xử lý việc này theo cách ngược lại, chỉ khi người dùng tắt bỏ tính năng Allow opening non-PDF file attachments with external applications – mặc định là được kích hoạt, chỉ khi đó Adobe Reader mới trở nên an toàn hơn.
Chỉ khi gần đây, các nhà phát triển dịch vụ an ninh bảo mật công bố rằng tin tặc sẽ khai thác lỗ hổng trong file PDF để lây nhiễm hệ thống bot ZeuS và sâu máy tính. Vì vậy, người sử dụng được khuyến cáo cập nhật các phiên bản vá lỗi mới nhất hoặc thiết lập lại ứng dụng PDF Reader của họ.